其中天地、宗庙、社稷由天子亲祭，“有故，遣官告祭”。其他“中祀，或亲祭、或遣官。群祀，则皆遣官”。清代坛庙的具体位置较少变动，而着力于完善其祭祀文化。比较典型的如历代帝王庙，清廷多次更改入祀帝王名单。顺治年间将明末帝朱由检、明太祖朱元璋移入，又增祀辽、金、元三代帝王。康熙六十年，圣祖重新确定，只要不是无道被杀或亡国的帝王，都可入庙享祀，入祀数量由此发生了前所未有的变化。世宗落实其父遗愿，入祀了历代以治国守业著称的君王。

高宗时，又将帝王庙正殿提高到与乾清宫、奉先殿相同的等级，并提出“法戒论”作为祭祀要义，进一步完善了历代帝王庙的祭祀仪式。到乾隆五十年（公元1785年），最终形成以三皇五帝为首、共入祀188位帝王的新格局，基本体现出“中华统绪不绝如线”的历代帝系传承思想。又如孔庙等级，也不断崇升。

清代重视儒家文化，顺治年间尊称“大成文宣”，康熙年间改题“至圣先师”。圣祖又亲笔御书“万世师表”匾额悬挂孔庙大成殿，并颁发至全国各地。雍正年间，世宗亲诣孔庙释奠，制定了春、秋二祀帝王亲祭礼仪。乾隆年间，大成殿、大门以及碑亭俱改为黄瓦，孔庙等级提升。

在此前后，又入祀宋代大儒朱熹，以表达对程朱理学的尊崇，孔庙配祀由明代“十哲”改定为“十二哲”。光绪三十二年（公元1906年），清廷又崇升祀孔为大祀，大成殿也由七间三进改为九间五进，以符帝王“九五之数”。孔庙规格达到空前高度，其文化内涵也更为丰厚。

清代独具特色的坛庙，还有藏传佛教的喇嘛庙。清历代将尊崇藏传佛教作为治国安邦的国策，在北京兴建了大量喇嘛庙。其著者如城北双黄寺（东黄寺、西黄寺），双黑寺（前黑寺、后黑寺），在北京各个阶层都产生了很大影响。其中级别最高、规模最大的，则属乾隆初年由世宗潜邸改造而成的雍和宫。

雍和宫内供奉有世宗御像，又有高宗《喇嘛说》御制碑，内称“兴黄教，即所以安众蒙古，所系非小”，可见其在国家祭祀体系中的重要意义。与之相联系的，还有承德避暑山庄的“外八庙”。这些建于北京、承德等地的宏伟喇嘛庙，既充分融和了汉、藏、蒙各民族的建筑艺术精华，也进一步展现了多民族统一国家的文化魅力。