正统之后，北京的坛庙建筑进一步得到完善，逐渐形成完整的国家祭祀体系，并一直沿用到嘉靖之初。此后世宗以“大礼仪”之争，复古礼，又大兴土木，试图重塑京师的坛庙建置，北京坛庙文化随之出现重大变化。嘉靖九年（公元1529年）正月，世宗接受给事中夏言的建议，决定恢复天地分祀之制。遂在城北新建方泽坛，南郊圜丘、东郊朝日、西郊夕月三坛亦同时开工。随后将南郊圜丘更名为天坛，北郊方泽坛改称地坛，闻名后世的天、地、日、月四郊坛由此形成。

除此之外，明朝还大力兴建历代帝王庙。洪武年间历代帝王庙建于南京，成祖迁都后仍遣南京太常寺官员循例行礼，北京则附于南郊坛从祀，未另建专庙。嘉靖十年，世宗于北京西城兴建历代帝王庙，“并罢南京庙祭”。其主殿景德崇圣殿重檐庑殿，绿琉璃瓦，略如禁宫内主殿。二十四年又调整入祀帝王，罢元世祖，迁唐太宗与宋太祖同室，形成“凡十五帝，从祀名臣三十二人”的定制，迄至明末。

此外世宗又创设了一批祭坛，包括崇雩坛、先蚕坛、帝社稷坛，以及太岁坛，天神、地?二坛等等。其中雩祀始于唐、宋，元代罢废，明初“无常仪”。嘉靖九年（公元1530年），世宗欲于奉天殿行大雩礼，夏言奏请增筑雩坛，“每岁孟春祈谷”，于是“建崇雩坛于圜丘坛外泰元门之东”，成为朝廷逢旱祈雨、久涝祈晴的专坛。先蚕坛始设于宋，明初“未列祀典”。

嘉靖九年夏言上奏“耕蚕之礼，不宜偏废”，遂于安定门外修建先蚕坛。坛成，次年复以“皇后出郊亲蚕，非便”，改建于西苑仁寿宫之侧。此后皇后不必远出禁苑，即可行亲蚕礼。帝社稷坛，嘉靖十年创立于西苑豳风亭之西，是世宗依古礼而单独设立的“王社”。又有太岁坛，在山川坛内之南，嘉靖十年建。天神、地?二坛，十七年建于山川坛围垣外东南。至于对原有坛庙的修葺与完善，则更为频繁。

典型者如嘉靖九年增建崇圣祠，使孔庙“规制大备”。对于太庙，世宗也多次进行改造，最终于二十二年“复同堂异室之旧”。明代中期的“嘉靖崇礼”，依古礼创设了众多坛庙，开辟了北京坛庙建筑的新格局。

北京坛庙建筑

清代北京坛庙文化的繁盛

清承明制，也基本沿袭了明代后期的坛庙祭祀。乾隆时期，又对北京坛庙进行大规模的修缮与完善，北京坛庙文化达到繁盛时期。据《清史稿·礼志》记载，“清初定制，凡祭三等：圜丘、方泽、祈谷、太庙、社稷为大祀，天神、地?、太岁、朝日、夕月、历代帝王、先师、先农为中祀，先医等庙，贤良、昭忠等祠为群祀”。其后又稍有调整，“乾隆时改常雩为大祀，先蚕为中祀。咸丰时改关圣、文昌为中祀。光绪末改先师孔子为大祀”。