隋唐时期，南京的城市地位一落千丈，钟山和玄武湖也都被冷落，大书法家颜真卿任?N州刺史时，一度改玄武湖为“放生池”。不少著名诗人如李白、杜牧、韦庄、李商隐等则面对玄武湖地位的沧桑巨变大发感慨，如李白有“空余后湖月，波上对江州”之句。到南唐时期，玄武湖一度复兴，以致南唐大臣冯谧贪恋湖中“名目胜境，掩映如画”，而向皇帝提出能否将湖赠给他为私园的请求，此事因遭到徐玄的阻止而作罢。南唐时期的钟山同样也得到朝廷的重视，后主李煜在这里建“报慈道场”，权臣李建勋于钟山大兴亭榭，而且自称“钟山公”，其妻还自称“钟山老媪”。两宋至元代近400年间，钟山及玄武湖均因远离城市而未受重视，这一时期，南京城的北城墙在今珠江路以南一线（今北门桥是当时的城墙北门所在），钟山、玄武湖都在东、北郊一带，尤其是玄武湖，在北宋年间，一度还被江宁府尹王安石“废湖为田”，直到元代1301—1343年间才逐渐蓄水还湖，此间长达200多年，复活后的玄武湖面积比之六朝时期已大为缩小。

钟山和玄武湖的第二次真正复兴应是在明代。明代对这两片区域有三个重大影响，一是把这两个区域分别建成了“禁区”，钟山成为洪武帝朱元璋的陵寝所在，整个钟山周围以长20多公里的红墙作为界隔，又以数千军人组成的“孝陵卫”驻守保卫，任何闲杂人等不得进入陵区；玄武湖则于洪武初年成为贮存全国人口、田亩档案（时称“黄册”）的“黄册库”所在，也一律禁止民众入内，时人无可奈何写诗说“为贮版图人罕到，只余楼阁夕阳低”；在玄武湖东北侧还建有刑部以及三法司等中央法律、监狱机构。二是把京师城墙建到钟山脚下和玄武湖南岸、西岸一侧，使钟山、玄武湖与主城区及覆舟山、鸡笼山之间多了一道无法逾越的高墙，彻底改变了六朝以来南京城市北部的山水相连的视觉景观，同时，也阻断了玄武湖此前与长江的连通，使玄武湖的水面进一步缩小。三是在钟山和玄武湖结合部建太平门一座，为了出城行走方便，又在太平门外建“太平堤”（后称鸪栖埂、孤凄埂，今成为龙蟠路一段），将玄武湖紧贴钟山西麓的一片湖面隔为“中湖”（现“中湖”之遗迹还保存于白马公园内），从而彻底把原先连绵一片的钟山——玄武湖区域人为分成两地，改变了此前这一地区千万年以来的山水格局。

改朝换代之后的有清一代，玄武湖、钟山都不再作为皇家禁区，钟山除明孝陵寝区还受清廷维护外，其他地区任人拆墙砍树，以致于到晚清时，20多公里的孝陵墙已几乎不见片瓦，钟山上下也是一片光秃，太平天国战争时还把孝陵的所有木结构建筑悉数焚毁。玄武湖也逐渐变成农民和渔人的耕、猎之所。