比如木塔的第二层，实际有1.5层的高度，“明层”上面还有一个完整的结构层，也就是“暗层”。实际上应县木塔一共包含5个明层和4个暗层，外观看起来是5层，内部加上暗层实际共有9层。暗层（即结构层）和明层有很大的差别，明层只有垂直方向的柱子和水平方向的梁、枋、阑额等，可是暗层里有很多斜撑，斜撑过去的术语叫“斜戗”，它产生了很多三角形的构架，更加稳固，有点儿像现在大跨度建筑喜欢使用的桁架结构，在很多仓库、机场都会见到这种结构形式，只不过现代一般是用钢架，而应县木塔中是木头的桁架结构。过去有很多人表示遗憾，认为中国古建筑只会用梁柱体系，不会用三角形结构，其实他们不知道，中国古代匠人在盖楼阁、佛塔这种高技术的木结构建筑时是要用到三角形结构的，一般就藏在暗层里。

用现代术语来说，暗层其实就像“圈梁”一样，把整座塔紧紧箍住了。原来应县木塔的每一个明层也有很多类似这样的结构，过去塔内只有东西南北四个方向各开一扇门，其余现在看着是格子门的地方过去都是墙，墙内暗藏玄机，里面带有斜撑，外面糊上泥墙，虽然当时外观没有现在玲珑剔透，可是结构非常稳固。

而在20世纪30年代，当地的乡绅们不知道木塔的这个结构原理，可能是出于想让木塔外观更加玲珑剔透的愿望，于是竟然一层一层地把这些墙全部拆光了。

日本学者伊东忠太在20世纪初拍摄的应县木塔照片，呈现的是塔的原貌。到20世纪30年代梁思成来测绘的时候还保留了一些明层的外墙，所以他知道原貌是什么样，他画立面图的时候也是那么画的。可是到了梁先生第二次来应县木塔补测一些数据的时候就发现，墙已经都被拆光了。对于木塔来说，这些墙其实是带有结构作用的，里面的那些木骨架是尤其重要的。

我们现在看到的木塔二至五层，没有了外墙（内含斜撑），光线充足，显得豁然开朗，然而实际上这是以破坏这座塔的结构，让木塔发生危险为代价的。

值得一提的是，梁思成是最早发现木塔歪斜并发出呼吁的人，不过，他的呼吁在很晚才被大家听到。他们测绘木塔是在1933年，后来又进行了一次补测，梁思成完成测绘报告大概是1935年，那时营造学社已经准备把这份报告和其他一些讲中国古塔的专论一起出一本书。可是后来全面抗战爆发，报告遗失，梁思成一路颠沛流离，去了四川李庄，在那里继续中国建筑史的研究。新中国成立后梁思成到清华创办建筑系，可是直到去世他也没有见到这份报告。甚至到2001年，纪念梁先生诞辰一百周年出版《梁思成全集》（九卷）时，也没有收录。又过了几年，在当年的文研所（中国文化遗产研究院前身），终于找到了报告原件。