宋朝的书院不仅数量庞大，名声显赫，而且还形成比较成熟的规章制度。如在管理上，设置了山长、洞主、院长、堂长等职，负责书院管理和教学工作。书院的教学理念也已经形成。如朱熹在在白鹿洞书院颁布了《白鹿洞书院揭示》，成为了书院的宗旨，影响深远。

另外，该时期的书院开始被纳入了官学的体系。首先，国家也十分支持书院的发展，设置了“学田”用来作为书院的经费。如此，许多书院就成为了官方控制的教育机构。第二，部分书院的主人将书院捐赠给国家，以谋求一官半职，这样一些书院就成为了官方的书院。实际上，各个书院所的讲的内容基本都是儒家的经典，因此书院所宣传的思想和官方的思想也是一致的，这也就是书院官学化的一个重要因素。

元朝时期，忽必烈等对书院采取了保护政策，使得书院继续保持繁荣的局面。根据统计，元朝的书院有408所，其中新建的有134所，其中代表为太极书院。在对书院进行保护的同时，也加强了书院的控制，主要表现于三大方面：一是官方任命书院的主要职位，其考核也必须经过官方；第二，学生的来源，以及去向，被国家控制，并且纳入了科举体系；第三，加大对“学田”的授予，加强了书院对官方的依赖性。元朝的书院的教学内容也主要是理学，这和元朝将理学封为官方学问是关联的。

三、明清时期，书院的曲折发展

明朝前期的130年间，书院教育出现了衰落的现象，其主要原因有：一，明朝官方加强了对思想的控制，屡兴文字狱，造成了民间学术活动凋零；第二，明朝加强了官学和科举制度的建设，使之成为一个十分严密的体系。明朝还规定“科举必由学校”，如此文人想进入仕途就必须通过官学。第三，明朝统治者不重视、不提倡、不鼓励书院教育，如白鹿洞书院在元末毁于战火，一直到1438年才重建，荒废了87年。当然，明朝前期书院的数量还是在不断增加，只是书院的学术水平已经大大下降了。

明朝后期，书院教育又复兴了起来。其主要的原因有如下：第一，明朝政治腐败，宦官专权，许多士大夫便设立书院议政国事。这也导致该时期的书院有特别强的政治色彩。第二，由于长期坚持八股取士，导致科举制走向了僵化。加上政治腐败，官学也被腐化了，其治学水平严重下滑。许多士人只是将官学作为取得考试资格的途径。第三，明朝后期的湛若水、王阳明等学者大力倡导、兴办书院。明朝时期书院最繁荣的时代是嘉靖时期和万历时期。

但是明朝的书院并未真正得到健康的发展，其命运十分曲折。在明朝后期，出现了四次禁毁书院的事情：第一次是1537年下令毁掉湛若水创立的书院；第二次是1538年“毁天下书院”；第三次是1579年张居正“诏毁天下书院”；第四次是1625年“毁天下东林讲学书院”，许多书院都被当做东林党讲学之地而被毁灭了。这四次毁灭书院的行为，是明朝加强思想控制的表现，这体现出在君主专制不断强化的时代，民间的思想也被束缚得越严格。